GUADALAGUA tiene encomendado el tratamiento de las aguas residuales de Guadalajara. Para ello dispone de una moderna planta depuradora con capacidad para tratar 45.000 metros cúbicos de agua residual cada día. La planta dispone de procesos para el tratamiento específico que permiten la reducción de compuestos de nitrógeno y fósforo hasta los límites legales establecidos. También dispone de un sistema de producción de energía eléctrica para autoconsumo a partir del biogás que se obtiene como subproducto de la digestión de los fangos producidos por el tratamiento.